El Neolítico y los Íberos

A dia de hoy, tenemos constancia de la existencia de poblados del neolítico por la zona geográfica de Jijona. Esta afirmación la constatan los restos arqueológicos encontrados en "les Penyes de Roset" y las pinturas rupestres de La Sarga, junto al término municipal de Alcoy. También es de destacar el poblado íbero asentado junto a lo que hoy es L'Ermita de Santa Bárbara, situada en un peñasco a la entrada de Xixona. 

Los romanos conocieron la existencia de la actual Xixona, y quizás debamos a ellos el origen de su nombre. En latín SAXO significa peñasco, piedra grande, y de ahí que la palabra haya ido derivando en Saxum, Saxona, y finalmente, los árabes introdujeran como era habitual el cambio de la S por la X, obteniendo Xaxum, Xaxona. Otro ejemplo podría ser la palabra SAITABI que finalmente derivó en Xàtiva. Durante la época medieval, el nombre fue derivando en Sexona, Seixona, hasta el actual nombre de Xixona, y su traducción al castellano fruto de cambiar la X por la J, Jijona. Lo mismo ocurrió con Xàbia y Javea y con Xàtiva y Játiva. Xaxum fue coetanea con Lucentum (Alicante), Orceli (Orihuela), Aspis (Aspe).

Período post-romano

Posteriormente, tras la decadencia romana hubo asentamientos visigodos hasta la llegada de los árabes, quienes construyeron el castillo de Xixona conocido como La Torre Grossa. Según las fuentes, empezó a ser construido en periodo almohade, en los siglos XI y XII, aunque el sacerdote y arqueólogo José Belda lo data a mediados del siglo XIII. Precisamente don José Belda fue quien inició un estudio exhaustivo del castillo a principios del siglo XX. Los resultados de las excavaciones fueron donados al Museo Arqueológico Provincial de Alicante, hecho que ha provocado no pocas críticas por parte de los habitantes de Jijona debido a que consideran que esos restos son patrimonio del municipio y deberían de estar en Jijona. De hecho, esto se basa en que uno de los privilegios otorgados por los reyes a lo largo de la historia fue que el Castillo era de propiedad municipal. La justificación dada a esta "donación" es que el padre don José Belda emprendió esta tarea de manera independiente, autofinanciándose y reuniendo sus propios esfuerzos, y a parte, no existía local alguno en Xixona para depositar todos los restos. 

Edad Media y el Reino de Valencia

En el siglo XIII, Jaime I inició la conquista del Reino de Valencia, y en el año 1244 se firmó el Tratado de Almizra entre las coronas castellana y aragonesa, que designaba la línea Biar-Busot como la frontera sur del Reino de Valencia. Xaxona fue reconquistada por Jaime I en 1258. Esta frontera se extendería posteriormente más hacia el sur, quedando Xixona como capital de Gobernación en 1304. Xixona tenía una posición estratégica muy valorada y es por ello que para describir los límites geográficos de la corona se hablaba dençà Xixona y denllà Xixona para la región hasta el reino de Murcia. En 1337, Xixona adquirió el título de Villa Real, teniendo su papel destacable dentro de las Cortes Valencianas  y adquiriendo así distintos privilegios como la exención de impuestos y otros tributos. Esto dotó a los jijonencos de aquella época ciertas libertades e independencia gracias a la jurisdicción real, puesto que de este modo no estaban sometidos un regimen señorial donde era bastante habitual la esclavitud y servicio exclusivo a las leyes propias del señor -jurisdicción señorial-. Fue repoblada por catalanes y aragoneses.

En 1364, el monarca castellano Pedro el Cruel tomó el castillo, aunque posteriormente fue recuperado por la corona aragonesa gracias a ejércitos formados por gente de Penáguila, Alcoy y Cocentaina. 

Guerra de Sucesión

Durante la guerra de Sucesión, Sexona apoyó a Felipe V. El archiduque Carlos de Ausgria logró la rendicion en 1706, la gente huyo a las montañas y posteriormente, la ciudad fue recuperada ayudada por el ejército de Villena. En 1707, Felipe V otorgó a Xixona el título de ciudad y  la propiedad del castillo, la Torre Grossaf, a parte de otros privilegios como que los jijonencos podían llevar armas.

La ahora ciudad quedaba al frente de la Gobernación de Xixona, demarcación administrativa que abarcaba la Foia de Xixona, de Castalla, la Vall de Biar y el termino de Alforí (Vall d'Albaida) .

En el año 2008, Jijona celebró su 300 aniversario como ciudad.